perjantai 17. lokakuuta 2014

Rope Kojosen väitös

Kotimaa24-sivuilla haastateltiin Rope Kojosta hänen väitöskirjansa johdosta. Hän analysoi siinä kiistanalaisen älykkään suunnittelun liikkeen argumentaatiota ja siitä käytyä keskustelua. Lainaan pari kohtaa haastattelusta.

Mitä hyvää evoluutioteorian hyväksyvät voisivat tunnustaa ID:ssä?

Ehkä sen, että totta kai tieteessä on vielä mysteerejä ja ID voi innostaa tutkimaan niitä lisää. Toinen hyvä puoli on se, että tieteen historiassa ajatus luonnon älykkäästä suunnittelusta on ollut myös motivoiva voima. Vaikka tieteen ei tarvitsisi hyväksyä ID-argumentteja, ne ovat kuitenkin parempia kuin monet perinteisen kreationismin argumentit. Suomessakin on aika paljon ihmisiä, jotka kokevat joko kreationismin tai älykkään suunnittelun itselleen läheiseksi. On tärkeä yrittää ymmärtää mistä he ovat tulossa ja kohdata heidän ajattelunsa tieteellisellä todistusaineistolla ja argumentaatiolla. Molemmin puolin pitäisi pyrkiä pois polemiikista.

Mitä hyvää ID voi nähdä evoluutioteoriassa?

Voisi ajatella, että sekin on yksi mahdollinen näkemys. Evoluutioteoriaa kannattavat monet kristityt myös ja pitävät sitä hyvänä ja tieteellisenä teoriana. Helposti ID ymmärtää evoluutioteorian ateistiseksi, eikä osaa erottaa uusateistien evoluutioteoriasta tekemiä ateistisia tulkintoja. Koetan osoittaa tutkimuksessani senkin, että ne argumentit, joissa evoluutioteoria yhdistetään ateismiin, eivät ole vakuuttavia.

Näetkö siis, että luomisen teoria ja evoluutioteoria ovat yhdistettävissä uskonnollisessa mutta myös tieteellisessä mielessä?

Mielestäni tarkempaa olisi ajatella, että luomisoppi toimii eri tasolla kuin tieteelliset teoriat. Luomisoppi koskee koko olemisen perustaa, ei tieteellisiä yksityiskohtia. Siksi evoluutioteoriakaan ei uhkaa luomisoppia. Periaatteessa on kuitenkin mahdollista, että tiede löytää kysymyksiä, joihin se ei itse löydä vastausta, ja joiden ymmärtämisessä filosofia ja teologia auttavat enemmän. Tällaisissa tapauksissa tieteen ja uskonnon välillä voi olla vahvoja yhtymäkohtia.


Kojosen väitös verkossa.

tiistai 7. lokakuuta 2014

Elämä ja informaatio


Minulla on hyllyssäni jo hieman vanhahko kirja, Jim Brooksin 'Näin alkoi elämä' ('Origins of life', 1985). Brooks on  kristitty brittiläinen geokemisti, ja ilmaisee kirjassa uskonsa Jumalaan. Kirjassa on kuitenkin hyvin tieteellinen 'ote'. Geologisia aikakausia käsitellään aivan tieteen valtavirran mukaisesti, tietysti. Alkuräjähdyksestä puhuttaessa hän ei nosta edes sitä miksikään erityiseksi todisteeksi Jumalan olemassaolosta (kuten esim. meikäläinen mielellään). Siis aika 'viileältä' kaverilta vaikuttaa. (Kirjasta on arvostelu  ASA:n sivuilla.)

Elämän synty aiheuttaa hänessä kuitenkin ilmeisesti jopa suurempaa ihmettelyä kuin alkuräjähdys.

Lainaan pätkiä:
Aristoteles uskoi, että vedettäessä linjaa pienimmästä atomista mutkikkaimpaan elävään olentoon ei ollut mahdollista sanoa, missä kohdin eloton päättyi ja elämä alkoi. Moni tiedemies lienee nykyään hänen kanssaan samaa mieltä sanoen, että  elottomassa ja elollisessa aine eroaa vain järjestysasteensa perusteella.
Sitten Brooks viittaa joihinkin nykyisiin elämän määrittely-yrityksiin, jotka on tehty puhtaasti fysikaalisin ja kemialisin perustein. Hän näkee ainakin jotkut niistä joustamattomiksi, koska ne eivät pysty kuvailemaan systeemiä, vaan ne kuvailevat ainoastaan systeemin yhtä tai useampaa toimintaa.  Brooks esittää, että 'Aristoteleen jatkumo' atomista elävään ihmiselimistöön on väärä ja perustelee tätä  kuvaamalla, miten suuri ero on elämän rakenneosien, jopa virusten  ja toisaalta elämän perusyksikön, solun välillä.
Atomeja muodostavien alkeishiukkasten, atomien, molekyylien (jopa nukleoproteiinien), vieläpä virusten välillä on ilmeisiä kemialisia ja fysikaalisia yhteyksiä. Samoin näyttää johtavan kehityssarja prokaryoottisista soluista (joilla ei ole selvärajaista tumaa) monien erityyppisten eukaryoottisten solujen (joilla on yksi tuma) kautta pitkälle erikoistuneisiin ihmiselimistön rakenteisiin. a) Nukleoproteiinirakenteiden ja b) yksinkertaisimpien prokaryoottisten ja eukaryoottisten solujen välillä on kuitenkin valtavan suuri katko. Tämän eron perusteella voidaankin esittää yksi määritelmä elämälle.
Tuohon Brooksin 'katkoon' useimmat sijoittanevat elävän ja ei-elävän välisen rajan. Virukset tosin saattavat vähän hämmentää siinä välissä.

Kaikki solut tarvitsevat DNA:n sisältämää informaatiota ainakin lisääntymiseensä. Jotkut solutyypit tosin heittävät valmistuttuaan DNA:n ulos itsestään, esim. ihmisen punaiset verisolut. Mutta nepä eivät sitten enää lisäänny.

Näyttää siltä, että elämä ja informaatio astuvat peliin samanaikaisesti, yhdessä !

Brooks kysyy näin:
...Tietomme elämän synnyn mahdollisista tapahtumasarjoista ja elävien organismien osuudesta myöhemmässä kehityksessä johtavat ajatukseen, että siirtyminen elottomasta elolliseen tapahtui vain kerran. Elämän synty oli erittäin  epätodennäköinen tapahtuma, ja mahdollisuudet, että näin olisi käynyt sattumalta, ovat melkein olemattomat. Elämä kuitenkin sai alkunsa. Syntyikö se siis sattumalta vai oliko se suunniteltu ja ohjattu tapahtuma?
Tätä minäkin voin kysyä yhdessä Brooksin kanssa ...

                                                        ____________

P.S. Jossain mielessä virukset voidaan nähdä informaatioksi ilman elämää. Niillähän ei ole omaa aineenvaihduntaa. Ne eivät myöskään itse liiku vaan ajautuvat paikasta toiseen ulkoisten voimien kuljettamina, siementen tai itiöiden tapaan. Vain tunkeutumalla elävään soluun ja lainaamalla isäntäsolun toimintoja virus voi  monistaa perimäaineksensa ja lisääntyä. Tämän takia on vaikea kuvitella niiden olleen olemassa  ennen eläviä soluja.



maanantai 6. lokakuuta 2014

Pieni vesikirppu myös...


Daphnia on vesikirppusuku. Ne ovat pieniä, yleensä alle parimillisiä otuksia, jotka liikkuvat vilkkaasti,  nykivin liikkein vedessä. Nämä pikkuotukset  ovat tietyssä mielessä esimerkki hankittujen ominaisuuksien periytymisestä. Tällaista teoriaahan Lamarck aikoinaan esitti, ja sille on pitkään naureskeltu. Nyttemmin on kuitenkin huomattu, että ainakin jotain tämänkaltaista tosiaan tapahtuu luonnossa.

Daphnia pulex   (Wikipedia)


Daphnia-naaraat reagoivat saalistajistaan tuleviin kemialisiin signaaleihin kasvattamalla suojaavan 'kypärän' - siis yksilötasolla, ei sukupolvien saatossa luonnonvalinnan seurauksena. Kypärällisten vesikirppujen jälkeläisilläkin on kypärät, vaikka saalistajia ei enää olisikaan ympäristössä. Vaikutus jatkuu seuraavaankin sukupolveen, tosin "lastenlasten" kypärät ovat paljon pienempiä.

Tällaista ilmiötä sanotaan epigeneettiseksi periytymiseksi. Epigeneettiset säätelytekijät aktivoivat ja passivoivat geenejä. Säätelytekijät voivat reagoida ympäristöön ja osa niistä voi periytyä jälkeläisille. Suurimmalta osaltaan ne kuitenkin 'nollaantuvat' hedelmöityksessä, koska niiden päätehtävä on ohjata solujen erilaistumista sikiönkehityksessä (eri geenit ovat aktiivisia erilaisissa solutyypeissä).


Epigeneettisiä mekanismeja (Wikipedia). Metyyliryhmät voivat liittyä DNA:han ja aktivoida tai passivoida geenejä. Myös histoneihin voi kiinnittyä säätelytekijöitä. Histonit ovat proteiineja, joiden ympärille DNA-rihma kiertyy. Kiertymisen tiiviydellä on vaikutusta geenien aktiivisuuteen. Kuvasta näkyy myös, että 'säätely', voi olla luonteeltaan negatiivistakin, aiheuttaen sairauksia tms.

Kiinnostava artikkeli aiheesta, katso erityisesti esitys 'Examples of epigenetic Inheritance':

http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/inheritance/ 

(Sivuilla on enemmänkin tietoa epigenetiikasta.)

Tällaiset uudet löydöt ovat tavattoman kiinnostavia, koska jotenkin tuntuu, että evoluutiota ymmärretään vielä huonosti. En tiedä, miten merkittävänä tätä ilmiötä pidetään evoluution kannalta, mutta jännittävä juttu!

Hesarin artikkeli vuodelta 2011 kertoi, että vesikirpulla on kuulemma enemmän geenejä kuin millään siihen asti tutkitulla eläimellä. Noin kolmannes sen geeneistä on tieteelle aikaisemmin tuntemattomia ja esiintyy vain vesikirpuilla! Nimenomaan nuo aiemmin tuntemattomat geenit reagoivat herkimmin ympäristön muutoksiin.

Pieni vesikirppu myös uiskenteli veessä,
pien vesikirppu myös lumpeenlehden eessä.
Ui luokse ankan ja sammakon
ja sanoi niille: Iloinen tää veikko on.
Olen vesikirppu vain, uiskentelen veessä.
KUIK, KUIK, KUIK!


sunnuntai 5. lokakuuta 2014

Suuntautuneita mutaatioita

Löysin Turun yliopiston perinnöllisyystieteen emeritusprofessori Petter Portinin mielenkiintoisen artikkelin Evoluutioteorian kehitys Darwinista nykypäivään. Siinä kerrotaan epigeneettisen periytymisen lisäksi myös toisesta jännittävästä aiheesta. Näin hän kirjoittaa (väliotsikot minun):

Uusia havantoja

Biologisessa luonnossa ei ole havaittu yhtään tosiasiaa, joka olisi evoluutioteorian vastainen, ja teorian rakenne on sisäisesti ristiriidaton. Kuitenkin biologisessa luonnossa on viime vuosina havaittu seikkoja, joita ei vielä ole sisällytetty nykyiseen evoluutioteoriaan, ns. moderniin synteesiin. Tämä ei merkitse sitä, että evoluutioteoria olisi virheellinen, vaan sitä, että se kenties kaipaa laajennusta.

Epigeneettinen periytyminen


Niistä havainnoista, jotka eivät vielä suoraan sisälly evoluutioteorian piiriin, ehkä  tärkein on periytyvät geenitoiminnan säätelyn muodot eli ns. epigeneettinen periytyminen (Gerhard & Kirschner 2007). Epigeneettinen periytyminen saattaa jopa pakottaa punnitsemaan uudelleen yhtä evoluutioteorian kulmakiveä, nimittäin sitä opinkappaletta,  että hankitut ominaisuudet eivät periydy. Epigeneettistä periytymistä välittävät DNA:n  modifikaatiot, ns. epigeneettiset merkit, nimittäin siirtyvät sukupolvelta toiselle.  Modifikaatiot yleensähän eivät tee näin. Kuitenkaan epigeneettisten merkkien siirtyminen ei jatku rajattoman monen sukupolven ajan, kun sen sijaan varsinaisten DNA:n mutaatioiden siirtyminen jatkuu periaatteessa kuinka kauan tahansa. 

Uusi synteesi?

Tämän ja eräiden muiden havaintojen vuoksi on aivan viime aikoina alkanut esiintyä puheenvuoroja, joissa ehdotetaan evoluutioteorian uutta synteesiä. Tälle uudelle, tulossa olevalle synteesille on jo annettu nimikin: sitä kutsutaan laajennetuksi evolutiiviseksi synteesiksi (Pigliucci 2007). Vielä tällaisen synteesin tarpeellisuudesta ei kuitenkaan olla yksimielisiä. 

Suuntautuneita mutaatioita?

Edellä mainittuja havaintoja vielä merkityksellisempi evoluutioteorian kehityksen kannalta on aivan uusi havainto, joka selvästi viittaa adaptiivisten, siis suuntautuneiden mutaatioiden mahdollisuuteen. Riisillä nimittäin havaittiin, että erilaiset ympäristöärsykkeet, kuten vaikkapa kylmäkäsittely, saavat aikaan transposonien eli ns. hyppivien geenien mobilisoitumisen. Liikkeelle lähteneet transposonit voivat sitten kiinnittyä toisten geenien läheisyyteen ja alkaa säädellä niiden toimintaa. Tämä puolestaan voi aiheuttaa viimemainituissa geeneissä pysyvän toiminnan tason muutoksen, joka auttaa kasvia tulemaan toimeen juuri asianomaisen mutaation aiheuttaneissa ympäristöolosuhteissa, esimerkiksi siis kylmässä ilmanalassa (Naito ym. 2009)

lauantai 4. lokakuuta 2014

Jättivoikukkia Galapagossaarilla

Television luonto-ohjelmassa riitti taas ihmeteltävää. David Attenborough esitteli tuttuun mielenkiintoiseen tapaansa Galapagossaarten jännittäviä sopeutumia. Aivan oikeaan paikkaan Darwin matkusti evoluutiota tutkimaan.

Saarilla ei ole lainkaan tavallisia puita rannalla kasvavien mangrovepuiden lisäksi, mutta Asteraceae-heimoon kuuluvat scalesia-suvun kasvit ovat täyttäneet tämän ekologisen lokeron. Asteraceae heimon suomalainen nimi on asterikasvit, aiemmin käytettiin nimitystä mykerökukkaiskasvit. Asterikasveille tyypillinen kukinto on mykerö, joka ulkonäöltään muistuttaa usein erehdyttävästi yhtä kukkaa mutta muodostuu itse asiassa useista sadoista pienistä, samassa kukkapohjuksessa ja toisissaan kiinni olevista kukista.

Syynä tavallisten puiden puuttumiseen Galapagossaarilta voi olla se, että niiden raskaita siemeniä ei ole päässyt näille kaukaisille saarille, mutta asterikasvien kevyille, leijuville siemenille matkanteko on onnistunut. (Mangrovepuiden siemenet kelluvat, siksi niiden löytyminen saarilta on ymmärrettävää)

Scalesia pedunculata
Puut ovat asterikasvien heimossa harvinaisia. Scalesia-sukuun kuuluu 15 puumaista tai pensasmaista lajia, kaikki endeemisiä näillä saarilla. Yksi suurimmista lajeista on Scalesia pedunculata, suuri 15-20 metrin korkuiseksi kasvava puu.

Scalesia helleri 1-2.5 metrin korkuiseksi kasvava
pensasmainen, joskus hieman puumainenkin kasvi
Scalesia on hyvä esimerkki sopeutumislevittäytymisestä, kertoo wikipedia. Lisää wikipedian tekstiä: "Sopeutumislevittäytyminen eli adaptiivinen radiaatio on yksi tapa evoluutio-opin mukaiseen eliölajien syntyyn. Siinä yksi kantalaji luonnonvalinnan paineesta jakautuu useiksi lajeiksi, jotka ovat erikoistuneet ja sopeutuneet toisistaan poikkeaviin elinympäristöihin tai ekolokeroihin."

Scalesia incisa, jota kasvaa San Cristóbalin  saarella ja parilla
muulla Galapagossaarella.  Incisa voi kasvaa 3.5 m korkuiseksi
"Adaptiivinen radiaatio voi seurata sellaisen uuden asuinalueen valtausta, jossa on monia ekolokeroita vielä 'vapaina' eli resursseista kilpailevia lajeja ei ole. Adaptiivista radiaatiota on tapahtunut esimerkiksi nuorilla saariryhmillä. "

perjantai 3. lokakuuta 2014

Geenien hierarkia

Denis Alexander kuvaa  kirjassaan 'Creation or Evolution: Do We Have to Choose?' sitä, kuinka paljon erilaisia mahdollisuuksia geeneillä on muunteluun ja miten pienilläkin mutaatioilla voi olla yllättävän suuria vaikutuksia. Tällä on merkitystä, kun mietitään evoluution mahdollisuuksia tuottaa uusia ominaisuuksia.

Geenit voivat muuttua säteilyn tai kemialisten aineiden vaikutuksesta. Ne voivat muuttua myös esim. solunjakautumisessa, kopioitumisen yhteydessä - vaikka tämä tapahtumasarja onkin monella tavalla hienosti varmistettu. Joskus DNA:n pätkät voivat kahdentua. Voi tapahtua myös suuria kromosomitason muutoksia, jossa kromosomin pätkä kääntyy 180 astetta saman kromosomin sisällä tai yhdistyykin toiseen kromosomiin. On myös transposoneita eli hyppiviä geenejä - DNA-jaksoja, jotka pystyvät tiettyjen ominaisuuksiensa ansiosta vaihtamaan  erityisen helposti paikkaansa perimässä. Myös retrovirukset voivat muuttaa perimäainesta jne.

Geenitutkimuksen edistyessä on opittu myös paremmin ymmärtämään sitä, että kaikkien geenien tehtävä ei olekaan tuottaa jotain 'lopputuotetta',  vaan osa ainoastaan ohjaa toisia geenejä. Geenit muodostavat eräänlaisen hierarkisen kytkinjärjestelmän. Ylhäällä tässä hierarkiassa ovat ns. hox-geenit, jotka ohjaavat eliön eri osien kehittymistä. Hox-geenit ovat mielenkiintoisesti itsekin usein samassa järjestyksessä kuin ne ruumiinosat, joiden kehitystä ne ohjaavat.


Hox-geenien vaikutusalueet banaanikärpäsessä (Kuva Wikimedia)


Banaanikärpäsellä (Drosophila melanogaster) on 8 hox-geeniä kuten kaikilla hyöteisillä.
Ne ovat ryhmittyneinä kahteen ryhmään, Antennapedia complex ja  Bithorax complex, kuvassa ANT-C ja BX-C. Ensimmäiseen kuuluu 5 hox-geeniä, jälkimmäiseen 3. Ne ohjaavat banaanikärpäsen eri segmenttien kehitystä kuvassa väreillä ilmaistulla tavalla.

Kukin hox-geeni ohjaa geenihierarkian kautta tai suoraankin 'toteuttajatason' geenejä määäräten mistä soluista alkaa muodostumaan pää, mistä keskiruumis jne. Tämä tapahtuu mm. geenien aktvoimisella tai 'sammuttamisella'. Mitä ylemmällä tasolla tässä hierarkiassa tapahtuu mutaatio, sitä suuremmat vaikutukset sillä on. Pienilläkin banaanikärpäsen genomin ohjaaviin geeneihin kohdistuvalla manipulaatioilla saadaan jalat kasvamaan tuntosarvien paikalle tai siivet siihen, missä pitäisi  olla jalat. Mutta eihän meidän tarvitse olla näin pessimistisiä, muutoshan voi tuottaa jonkin hyödyllisen uuden ominaisuuden!

Uskomattoman hieno ja nerokas järjestelmä!  Mutta miten se on syntynyt?  Tuota... olisiko diplomaattinen vastaus sanoa: "Vähitellen?".

torstai 2. lokakuuta 2014

Solunjakautumisen ihme

Mitoosi on ällistyttävän monimutkainen ja hieno tapahtuma. Mitoosi tarkoittaa tuman ja sen sisältävän perimän jakautumista kahdeksi identtiseksi kopioksi solunjakautumisen yhteydessä.

Solunjakautumisten välillä kromosomit, joissa DNA:mme on, lilluvat tumassa epämääräisinä lankakerinä, joita on vaikea erottaa.  Sitten tapahtuu kahdentuminen, tiivistyminen ja ne alkavat usein näyttää tutusti X:n muotoisilta, koska sisarkromosomit pysyvät yhdessä, kiinnittyneinä toisiinsa yhdestä kohdasta.  Tässä vaiheessa ne näkyvät jo helpommin mikroskoopissa. Homma jatkuu ihmeellisellä baletilla, jossa kromosomit järjestyvät keskelle riviin, jotta ne on helpompi jakaa syntymässä olevaan kahteen soluun. Niin, ja solussa on paljon muutakin, minkä pitää kahdentua ...

Tätä katsellessa - vaikka miten yrittää olla 'järkevä' - on melkein pakko esittää kysymys: Onko tämä vain kemiaa ja fysiikkaa? Mitä on elämä?

Oheisessa videossa on useampaan kertaan näitä vaiheita hienosti esitettynä. (Videon alku ei näytä kovinkaan kiinnostavalta, mutta loppua kohti vaan paranee). Ihmeellistä!




Tämä youtube:n video on peräisin Virtual Cell Animation Collection -sivuilta.

Toisessa videossa keskitytään siihen, miltä kromosomit yleensä näyttävät. Ne eivät siis ole X-kirjaimen muotoisina aina, vaan X-vaiheessa on jo tapahtunut kahdentuminen, tiivistyminen ja perintöaineksen jakautuminen on lähellä




Video on   BBSRC:n  eli Biotechnology and Biological Sciences Research Council:in tuotantoa.

keskiviikko 1. lokakuuta 2014

Francis Collins haastattelussa

Francis Collins (Kuva Wikimedia)
Francis S. Collins (s. 14. huhtikuuta 1950) on yhdysvaltalainen lääkäri ja geneetikko. Hän johti NHGRI:tä (National Human Genome Research Institute) vuoteen 2008 ja toimi myös  Human Genome Projectin johdossa. Hänen tutkimustyönsä avulla on löydetty erilaisia  sairauksia aiheuttavia geenejä, joiden joukossa on Huntingtonin tautia aiheuttava geeni. Collins on Yhdysvaltain kansallisen tiedeakatemian jäsen ja Presidential Medal of Freedomin saaja.

Collins piti itseään aiemmin ateistina, mutta on nyt vakau­muk­sel­linen kristitty. Hän on teistinen evolutionisti eli uskoo evoluution olevan Jumalan ohjaamaa. Hän on puolustanut 'BioLogos' (='evolutionary creation') -termillä nimittämäänsä teististä evolutionismia menestysteoksessaan The Language of God: A Scientist Presents Evidence for Belief (2006). Heinäkuussa 2009 Barack Obama nimitti Collinsin National Institutes of Healthin johtoon. Collins johtaa perustamaansa  BioLogos Foundationia , joka pyrkii edistämään uskon ja tieteen välistä harmoniaa. (Wikipedia)

Molekyylibiologi Denis Alexander, itsekin kristitty, haastatteli Francis Collinsia  maaliskuussa 2008. Lainaan paria kohtaa.

Alexander:
Have you found any particular models of the relationship between science and religion to be especially helpful?
Collins:
Obviously an area that many people see as a battleground between science and faith is the whole question of how it is that this model of diversity of living things on the planet came to be. The scientific evidence for evolution is now overwhelming – from the study of DNA in particular, where we have a record of what has been happening down through hundreds of millions of years. One can look at that evidence and come away with no other conclusion than that we are descended from a common ancestor.

So, I arrived, early on after becoming a believer, at a perspective that is called by many ‘theistic evolution’ – the notion that God, in God’s awesome intention to create a universe that would support life, and most especially life in God’s image that would seek out fellowship with God, used the process of evolution to achieve those goals. An amazing process, an elegant process, a process that to our minds may seem slow and even random, but for God could have been achieved essentially in the blink of an eye and in a way that wasn’t random at all.

When you’ve put that all together, you’ve achieved what I had hoped to find somewhere: a harmony between science and faith that is completely satisfying. I cannot see any major objections to that synthesis – which is, after all, the one that most biologists who are believers have arrived at, many of them without realising that others have travelled that same path.
Alexander:
Evolution requires a vast amount of both suffering and wastage. Ninety-nine per cent of all the species that have ever lived have died out. How do you reconcile that with the idea of a God of love?
Collins:
I don’t know that there’s an easy answer to that. Certainly it’s difficult to deny that death is part of the evolutionary process – if it was not, an ever-increasing number of creatures would enter and remain in the world, resulting in an unsustainable model of life. The ugliness of death, you could say, is in a way part of the freedom that God granted to nature. [John] Polkinghorne has argued quite compellingly, I think, that the evolutionary universe is a creation allowed to make itself, and the consequence of that is a creation that contains both beautiful and wonderful things and some things that we are troubled by. 

I think we have to keep in mind the notion that moral consciousness, which we so value in humans as a critical part of who we are, does not necessarily apply – in fact, I don’t think it does apply – in other parts of the plant and animal kingdom, and (although this may sound harsh and unfeeling) that may mean that some of the acts that we perceive as being morally unacceptable when applied to humans may be not so in other parts of the natural world.
 Alexander:
The Intelligent Design movement, especially in the United States, has focused on parts of nature that seem to be especially complex and used them to argue that there must be a Designer. What is your take on that?
Collins:
I think it was an interesting development. Unfortunately, I think it’s turning out not to be a positive one. It’s important to note that the movement did not arise out of the scientific community: it really came from a small group of believers who were troubled that the increasing dominance of evolution in scientific discourse was spilling over into worldviews and threatening the idea that God is the Author of all. There are some interesting ideas there that should cause anybody who figures that evolution has already solved all its problems to step back and scratch their head a bit; but ultimately their arguments have shown increasingly severe cracks. The idea that, for example, nano-machines like the bacterial flagellum (which is the poster child of Intelligent Design) could not have come about by gradual small changes supported by natural selection is not really defensible. And therefore ID falls into this unfortunate category of ‘God of the gaps’ – and now knowledge is advancing very rapidly and ID is in deep trouble scientifically. It’s also, I think, fair to criticise ID for having no real scientific agenda of how to test its theory. It doesn’t seem to get you anywhere – it’s a scientific dead-end...
Koko haastattelu löytyy The Faraday Institute for Science and Religion -sivuilta.

Laitan tähän loppuun vielä muutaman pointin BioLogos Foundation:in omasta määrittelystä 'What we believe'
8) We believe that God created the universe, the earth, and all life over billions of years. God continues to sustain the existence and functioning of the natural world, and the cosmos continues to declare the glory of God. Therefore, we reject ideologies such as Deism that claim the universe is self-sustaining, that God is no longer active in the natural world, or that God is not active in human history.
9) We believe that the diversity and interrelation of all life on earth are best explained by the God-ordained process of evolution with common descent. Thus, evolution is not in opposition to God, but a means by which God providentially achieves his purposes. Therefore, we reject ideologies that claim that evolution is a purposeless process or that evolution replaces God.
10) We believe that God created humans in biological continuity with all life on earth, but also as spiritual beings. God established a unique relationship with humanity by endowing us with his image and calling us to an elevated position within the created order.



sunnuntai 28. syyskuuta 2014

Kaloista alkusammakoihin

Opiskellakseni asiaa  tein yksinkertaisen taulukon  ensimmäisistä tetrapodeista (neliraajaisista selkärankaisista) ja kaloista, joilla oli niitä muistuttavia piirteitä. 

Mukana on tietoja ensimmäisistä löytöpaikoista ja -vuosista. Aika paljon näyttää tapahtuneen ihan viime vuosikymmeninä. Ichthyostega on kuitenkin jo 1930-luvulta.


Nimi
Ensimmäiset löydöt
Varhaisimmat fossiilit mvs ja devonikauden jakso
1931-1933 Itä-Grönlanti
363 Famennian
1987 Itä-Grönlanti (kallon osia jo 1933)
363 Famennian
Scat Craig, Skotlanti. Osasia löytynyt eri ajankohtina 1900-luvulla
368 Famennian
2004 Ellesmerensaari, Kanada
375 Frasnian
1972 Latvia
378 Frasnian
1985 (parempi 2005) Kimberley, Australia
380 Frasnian
1881 (J. F. Whiteaves) Miguasha
385 Givetian
(Pictures are from Wikipedia articles, link below the image.)

Kolmea ensimmäistä, Ichthyostega, Acanthostega  ja Elginerpeton pidetään tetrapodeina, tässä tapauksessa alkusammakkoeläiminä. Ne olivat melko kookkaita, Acanthostega n. 60 cm, kaksi muuta jopa puolitoistametrisiä. Ne eivät olleet varsinaisia maaeläimiä,  vaan elivät ilmeisesti matalassa vedessä ja veden ja maan rajavyöhykkeellä.

Tiktaalik:ia joku tutkija on halunnut kutsua 'fishapod':iksi koska sitä voi sanoa kalojen ja tetrapodien välimuodoksi.Yli metrinen vonkale.

Muita pitänee sanoa kaloiksi, mutta niillä on tetrapodimaisia piirteitä. 

Taulukolla en yritä esittää, että vanhemmat lajit olisivat uudempien suoria esi-isiä. Usein löydetyt fossiilit sijoitetaankin eri-ikäisiin sivuhaaroihin. Taulukko kertoo kuitenkin siitä, että aikojen kuluessa ilmaantui enemmän ja enemmän maaelämään soveltuvia piirteitä. 
 ______________

Tämän artikkelin ensimmäisen version kirjoitin Mikko Louhivuoren blogiin 'Devonian kalareissu 2013', joka oli eräänlainen mielikuvitusmatka devonikaudelle. Laitan tähän alle linkit muutamiin Mikon artikkeleihin, jotka käsittelevät ym. lajeja

sunnuntai 21. syyskuuta 2014

Siemensaniaiset


Termin "siemensaniaiset", Pteridospermatophyta, historia juontaa 1800-luvun loppupuolelle. Silloin paleobotanistit huomasivat, että monilla kivihiilikautisilla saniaismaisilla kasveilla oli yhteisiä piirteitä nykyisten käpypalmujen kanssa. Niitä pidettiin aluksi jopa saniaisten ja käpypalmujen välimuotona. Melko pian huomattiin myös, että joidenkin näiden saniaismaisten lehtien läheltä löytyi tietynlaisia siemeniä, ja saatiin selville, että nämä itse asiassa kuuluivat samaan kasviin. Myöhemmin löytyi lisää vastaavia 'pareja'.

Sukulaisuussuhteesta käpypalmuihin käsitys on tosin nyttemmin muuttunut, välimuotojen sijasta puhutaan etäisemmästä sukulaisuudesta. Myöskään termi siemensaniaiset ei tarkoita yhtenäistä kasviryhmää, vaan termin alle luetaan neljä nykyisin hävinnyttä lahkoa (order): Lyginopteridales, Medullosales, Callistophytales ja Peltaspermales. Ainakin Medullosales-lahkoon kuului myös puumaisia kasveja.



Monien siemensaniaisten siemenaiheet (joista hedelmöittyneenä tulee siemeniä) olivat eräänlaisten suojuslehtien muodostamassa kupissa. Kuvassa lagenostoma-sukuisen siemensaniaisen siemenaiheita, myöhäisdevonikaudelta.

Siemensaniaiset hävisivät enimmäkseen liitukauden loppuun mennessä, joskin jotkut lajit säilyivät aina eoseenikaudelle asti.


Kuvat © Gerhard Leubner 2005  The Seed Biology Place-sivuilta.

lauantai 20. syyskuuta 2014

Archaeopteris - kunnon puutavaraa


Oklahomalaisen East Cetral Yliopiston (ECU)
kampusalueelle on  siirretty tämä  komea Callixylon
eli Archaeoptreris-fossiili (kuva Brad Holt)
Archaeopteris-puusta päästiin kunnon käsitykseen vasta 1960-luvulla. Charles B. Beck niminen tutkija sai osoitettua, että fossiloituneet puunrungot, joille oli annettu lajinimi Callixylon, ja lehdet, jotka tunnettiin nimellä Archaeopteris, kuuluivat yhteen. Saatiin muodostettua käsitys hyvin erikoisesta kasvista - runko oli kuin jollain havupuulla, mutta lehdet olivat saniaismaiset. Sitä pidettiin Wattiezan löytämiseen asti ensimmäisenä metsiä muodostavana puuna.


Tästä fossiilista näkyy
Archaeopteriksen lehtien
saniaismaisuus (Wikimedia).


Archaeoptreris, rekonstruktiopiirros
Archaeopteris-sukuun kuuluvien puiden tyypillinen korkeus oli 10 m. Jotkut lajit olivat  suuria, rungon halkaisija saattoi olla jopa 1,5 metriä. Juuristo oli hyvin kehittynyt ja rungossa oli oksia pitkällä matkalla (eikä vain jonkinlaista latvahuiskaa, kuten saniasmaisemmalla Wattiezalla). Ne luetaan esipaljassiemenisiin, Progymnospermopsida. Siemeniä ne eivät tuottaneet, vaan lisääntyivät itiöiden avulla.

Nämä puut näyttävät viihtyneen märässä maaperässä, lähellä jokia ja tulvatasangoilla.

Fossiileja voidaan löytää myöhäisdevonikautisista kerrostumista alkaen reilusti kivihiilikauden puolelle asti, noin ajalta 383 - 323 mvs. Levinneisyys oli globaali.


torstai 18. syyskuuta 2014

Ensimmäiset metsät


Piirros Frank Mannolini /
New York State Museum
Nykykäsityksen mukaan ensimmäiset metsät muodostuivat saniaismaisista Wattieza-puista, joita on löytynyt 385 miljoonaa vuotta vanhoista kerrostumista Devonikaudelta.

Gilboa nimiseltä paikkakunnalta, USA:n New Yorkin osavaltiosta, oli löytynyt kivettyneitä puunrunkoja jo 1800 luvulla ja 1920-luvulla, mutta tutkijoilla ei ollut käsitystä minkälaisesta kasvista oli kysymys. Vuonna 2005 löydettiin kuitenkin kaksi kokonaisena säilynyttä yksilöä ja kasvia voitiin tutkia tarkemmin. Sittemmin Gilboasta on kaivettu esiin kokonainen kivettyneiden Wattieza-puiden metsä. Löytöjen perusteella tästä kasvista on saatu paljon uutta tietoa.

Wattiezat kasvoivat ainakin ainakin 10 metrin korkuisiksi ja lisääntyivät itiöiden avulla kuten nykyisetkin sanikkaiset - sanikkaisiin ne nimittäin luokitellaan, vaikkakaan ei saniaisiin. Juuristo ei ollut erityisen laaja ja puuaines oli todennäköisesti melko pehmeää.

Nykyisistä puusaniaisista, joita esiintyy trooppisilla ja subtrooppisilla alueilla, Australiassa, Uudessa-Seelannissa ym., voi ehkä saada jonkinlaista apua yrittäessään kuvitella, miltä Wattieza näytti. Vain pari miljoonaa vuotta Gilboan löydöksiä myöhemmältä ajalta löytyy seuraava merkittävä 'metsien muodostaja', mielenkiintoinen Archaeopteris-puu  . . .


Cyathea medullaris puusaniainen voi kasvaa 20-metriseksi kotimaassaan Uudessa-Seelannissa (Wikipedia)


tiistai 16. syyskuuta 2014

Ensimmäiset maakasvit

Ja Jumala sanoi: "Kasvakoon maa vihantaa, ruohoja..."

Ordovikikausi (485 - 443 mvs) 

Eräs nykyinen maksasammal
(Kuva Wikimedia)
Vuonna 2010 julkaistiin tieto toistaiseksi vanhimmista maakasveihin liittyvistä fossiileista. Tutkijatiimi keräsi kerrostumanäytteitä Rio Capillasista, luoteis-Argentiinasta. Materiaalia tutkittaessa siitä löytyi viiden erilaisen maksasammalsuvun itiöitä, jotka ajoitettiin 471-473 mv ikäisiksi. Se, että itiöt olivat peräisin viidestä eri kasvisuvusta viittaa siihen, että niiden edeltäjät ovat ehkä olleet maalla jo ordovikikauden alkupuolella tai jopa kambrikauden lopulla. Nämä varhaiset maakasvit olivat yksinkertaisia. Niillä ei ollut esim. johtosolukkoa ja ne ottivat siis veden suoraan pinnan läpi. Tämä rajoitti niiden kokoa ja kasvupaikkoja, ne menestyivät vain kosteissa ympäristöissä.

Sammalet jaetaan kolmeen eri kehityslinjaa edustavaan ryhmään: Lehtisammalet, maksasammalet ja sarvisammalet. Maksasammalet ovat vanhin näistä ryhmistä. Meillä tutuimmat sammalet ovat lehtisammalia, mutta myös muiden kahden ryhmän edustajia löytyy luonnostamme.

Myös sienten itiöistä on löytynyt fossiileja ordovikikaudelta. Vuonna 2000 tutkijaryhmä julkaisi tiedon Wisconsinista löytämistään sienen itiöistä, jotka voitiin ajoittaa 460-455 mv ikäisiksi. Ehkäpä sienten ja kasvien hyödyllinen symbioosikin on voinut toimia jo hyvin varhain.

Siluurikausi (443-419 mvs)

Cooksonia (Kuva Wikimedia)
Keskisiluurikautisista kerrostumista (noin 425 mvs) on löydetty yksi vanhimmista putkilokasveista (kasvi, jolla on johtosolukko). Se oli  muutaman sentin korkuinen maakasvi Cooksonia. Ne kasvoivat meren rannoilla ja jokien suistoissa. Cooksonia oli itiökasvi, jossa ei ollut lehtiä eikä kukkia. Sen sukulaisuussuhteet nykyisin eläviin kasveihin ovat vielä epäselvät.

Keinotekoinen Baragwanathia-malli (kuva Wikimedia)
Siluurikauden lopulta tai varhaiselta devonikaudelta  löytyy nykyistä katinliekoa muistuttava itiökasvi Baragwanathia. Se oli esiintymisajankohtaan nähden jo  kehittynyt kasvi neulasmaisine lehtineen.

Zosterophyllopsida luokkaan kuuluvan Sawdonia ornatan fossiili
(Kuva Wikimedia)
Samalta ajalta löytyy myös kadonneeseen Zosterophyllopsida luokkaan kuuluvia putkilokasveja, jotka myös muistuttivat liekomaisia kasveja.

Siluurikaudelta on löydetty  myös muita  itiöiden avulla lisääntyneitä putkilokasveja, ks.esim.  Horneophytopsida.


Lähteitä ja luettavaa:
Wikipedia, Ordovician, Silurian, Timeline of plant evolution, Marchanthiophyta, Cooksonia, Baragwanathia, Zosterophyllopsida
BBC Earth News, Fossils of earliest land plants discovered in Argentina 
Scientific American, Fossil Fungi 
UCMP, Introduction to Zosterophylls



sunnuntai 14. syyskuuta 2014

Elämä monimuotoistuu

Ja Jumala sanoi: "Viliskööt vedet eläviä olentoja..."

Elämää ediacarakauden meressä (Wikimedia)
Ediacarakaudella (635-542 mvs) ilmaantuivat ensimmäiset mutkikkaat monisoluiset eliöt. Ajalle tyypillisiä ovat sangen erikoisen näköiset, paikallaan pohjaan kiinnittyneinä eläneet merieliöt. Monet ediacara-eliöt olivat hyvin litteitä, joskus pyöreitä ja joskus pitkulaisia. Litteys liittyi luultavasti eläinten alkeellisuuteen ja tukirangan puutteeseen.

Ediacaran eläimistöön kuului merisulkamaisia eläimiä, meduusoja, sienieläimiä, jaokkeisia käsnäjalkaisia muistuttavia eläimiä ja monia vielä luokittelemattomia eliöitä.  Ediacaran loppupuolelta on löydetty matojen ja muiden eliöiden mutaan jättämiä, myöhemmin kivettyneitä jälkiä.

Ediacarakausi näyttää päättyneen suureen joukkosukupuuttoon, josta vain pieni osa lajeista selvisi.

Kambrikausi (542-490 mvs) oli monisoluisten kuorellisten merieläinten nopean kehityksen aikaa. Sensijaan kuiva maa oli vielä "autio ja tyhjä". Tosin pidetään mahdollisena, että jotain alkeellista maakasvillisuutta olisi ollut jo kambrikauden lopulla, mutta todisteita on vasta ordovikikaudelta.

Kuvassa mm: Sienieläimiä muistuttavia  archaeocyatidejamerimakkaroita, simpukkoja muistuttavia lonkerojalkaisiamakkaramatoja, niveljalkaisia (sidneyia, canadaspis, trilobiititja merilevää (Wikimedia)

Merissä uusia lajeja ja eläinryhmiä syntyi nopeasti, jotkin katosivat yhtä nopeasti.  Kuoret kehittyivät suojaksi eläimille petoja vastaan.

Asaphiscus wheeleri-trilobiitin  fossiili  (Wikimedia)
Äyriäisten sukuiset niveljalkaiset, trilobiitit jättivät runsaasti fossiileja kauden kerrostumiin. Suurin osa trilobiittilajeista oli vain joidenkin senttien pituisia, kookkain löydetty fossiili kuitenkin 72 cm. Kauden eläimistöön kuului muitakin varhaisia niveljalkaisia,  jaokkeisia matoja, simpukoita, kotiloita, simpukkaa muistuttavia lonkerojalkaisia, piikkinahkaisia, sienieläimiä ja niiden sukupuuttoon kuolleita sukulaisia archaeocyatideja.

Anomalocaris canadiensis (Kuva Wikimedia)
Kambrikauden suurin eläin oli jopa metrin pituiseksi kasvanut Anomalocaris. Ne lienevät olleet trilobiitteja saalistaneita petoja. Vuonna 2011 löydettiin Australiasta fossiiliset jäännökset kuudesta verkkosilmästä, joiden perusteella Anomalocaris on luokiteltu niveljalkaiseksi. Ne olivat vapaasti uivia eläimiä, jotka ilmeisesti etenivät vartalon reunassa olevia ulokkeita liikuttamalla. Suun edestä lähti kaksi kaarevaa piikikästä uloketta, joilla Anomalocaris lienee siepannut saaliin ja siirtänyt sen suuhunsa.

Pikaia (Kuva Wikimedia)
Ankeriasmainen Pikaia oli pitkään vanhin tunnettu selkäjänteinen. Pikaian löysi Charles Walcott v. 1911 tutkiessaan Burgess Shalen kambrikautisia fossiileja Kanadassa. 1900-luvun lopulla kuitenkin löytyi toiselta tärkeältä fossiilialueelta, Chengjiangista, 10 mv vanhempi samantyyppinen fossiili, ajalta 535 mvs. Lajille on annetu nimi Cathaymyrus diadexus.

Kambrikautisista kerrostumista löytyy niin paljon uusia elämänmuotoja, että puhutaan usein kambrikauden lajiräjähdyksestä. Ilmiö voi kuitenkin näkyä kerrostumissa liioiteltuna, koska aiemmista eliöistä ei ole jäänyt niin paljon fossiileja. Sanotaan myös, että valtaosa eläinkunnan nykyisistä pääjaksoista on saanut alkunsa kambrikaudella. Monien pääjaksojen eliöt ovat kuitenkin 'pehmeärakenteisia' ja huonosti fossiloituvia, joten ei voida olla varmoja milloin ne ovat ilmestyneet. Geenitutkimusten perusteella 'lajiräjähdys' on saattanut alkaa jo ennen kambrikautta. 'Kovaa faktaa' eli fossiileja on löytynyt seuraavista pääjaksoista kambrikaudelta, polttiaiseläimistä ja sienieläimistä jopa edeltävältä ediacarakaudelta:


Lähteitä: 
Wikipedia, Ediacarakausi, Kambrikausi,  Cambrian explosion ym.
UCMP, Chart of First Appearances of Metazoans

perjantai 12. syyskuuta 2014

Missä elämä sai alkunsa?

Vuonna 1977 Galapagossaarten läheltä löydettiin jotain elämän alkuvaiheiden kannalta mielenkiintoista, meren pohjassa pulppuilevia kuumia lähteitä. Ne ovat saaneet nimen 'mustat savuttajat'. Niissä  maankuoresta kumpuava ylikuumennut vesi läpäisee merenpohjan. Tämä vesi sisältää runsaasti mineraaleja, erityisesti rikkiyhdisteitä.

Musta savuttaja Atlantin valtameressä. (Wikimedia)

Syvällä valtameren pohjassa on tavallisesti hyvin vähän elämää, siellähän ei ole juurikaan auringonvaloa. Mustien savuttajien ympärille on kuitenkin muodostunut kokonaisia ekosysteemejä. Näiden luona elää paljon vielä  toistaiseksi tuntemattomia lajeja. Monet siellä elävät mikrobit käyttävät energian tuotantoon kemosynteesiä hapettamalla rautaa, rikkiä, typpeä, metaania ja/tai vetyä. Nämä pieneliöt ovat puolestaan ravinnoksi suuremmille eliöille.

Kemosynteesi on tapahtuma, jossa eliö tuottaa orgaanisia yhdisteitä käyttäen epäorgaanisten yhdisteiden hapettamisesta saamaansa energiaa. Se on siis eri asia kuin tutumpi yhteyttäminen,  fotosynteesi, joka tuottaa happea.


Emäksisten merenpohjan kuumien lähteiden aikaansaamia muodostelmia keski-Atlantilta, Alueelle on annettu nimi 'Lost City'. (Wikimedia)

Pidetään mahdollisena, että merenpohjien kuumat lähteet olisivat toimineet maan elämän syntysijoina. Mustista savuttajista poikkeavat emäksiset lähteet sopivat erityisen hyvin tuottamaan elämälle välttämättömiä kemiallisia peruspalikoita ja energiaa.

Mielenkiintoista lisäväriä asiaan tuo, että vuoden 2005 kevääällä Arizonan yliopiston Robert Blankenship huomasi Costa Rican edustalla olevien mustien savuttajien ekosysteemin saavan ruokansa bakteereilta, jotka yhteyttävät. Nämä Chlorobiaceae heimoon kuuluvat bakteerit hyödyntävät mustan savuttajan himmeää infrapuna-alueen valonhehkua ja ne ovat ensimmäisiä luonnosta löydettyjä organismeja, jotka  käyttävät fotosynteesiin muuta kuin auringosta tulevaa valoa!  
______________

Lähteitä:

Wikipedia, Musta savuttaja
Wikipedia, Kemosynteesi
Tiede-lehti, Elämän alkua etsitään kotoa & kaukaa

torstai 11. syyskuuta 2014

Arkkieliöt

Elämän kolme domeenia. (Kuva Wikimedia)
Ennen 1900-lukua useimmat biologit luokittelivat eliöt joko kasveihin tai eläimiin. Mutta 1950- ja 60-luvulla alettiin ymmärtää, että tämä jako ei riittävästi ottanut huomioon sieniä, alkueläimiä (protisteja) eikä bakteereja. 70-luvulla viiden 'kunnan' järjestelmä sai yleisen hyväksynnän. Samalla tehtiin ylimmällä tasolla jako kahteen ryhmään: prokaryootit (bakteerit) ja eukaryootit (kasvit, eläimet, sienet ja alkueliöt).

Tiedeyhteisöä hätkähdytti kuitenkin 1970-luvun lopulla uusi teoria: tohtori Carl Woese Illinoisin yliopistosta kolleegoineen oli tutkinut prokaryoottien keskinäistä sukulaisuutta DNA-vertailujen avulla ja tullut siihen tulokseen, että prokaryootit jakaantuvat kahteen hyvin erilaiseen ryhmään. Tietyt heidän tutkimansa bakteereiksi aiemmin nimitetyt eliöt, jotka elivät hyvin kuumissa ympäristöissä erottuivat selvästi muista. Woese ehdotti eliöiden jakoa kolmeen domeeniin: Eukaryota, Eubacteria ja Archaebacteria mutta muutti Archaebacteria-nimityksen harhaanjohtavana myöhemmin muotoon Archaea. Woesen jako on saanut laajan hyväksynnän, vaikka kritiikkiäkin on esitetty. Suomenkielellä jako menee siis: aitotumaiset, bakteerit ja arkkieliöt. (Arkkieliöille on ehdotettu uutta suomalaista nimeä 'arkeonit').

Suolaisuutta hyvin sietävät halobakteerit ovat nimestään
huolimatta arkkieliöitä. (Kuva Wikimedia)
Monet arkkieliöt elävät ääriolosuhteissa. Niitä löytyy merenpohjan kuumien lähteiden läheltä yli 100 asteen lämpötiloista. Jotkut elävät maanpäällisissä kuumissa lähteissä tai hyvin emäksisissä, happamissa tai suolaisissa ympäristöissä. Niitä on myös eläinten ruoansulatuselimistössä ja merenpohjan hapettomissa kerrostumissa.

Arkkieliöitä on kuitenkin runsaasti myös ihan tavallisissa elinympäristöissä, esim. meren planktonin seassa. Niiden on arvioitu muodostavan jopa 20% maapallon biomassasta. Siihen nähden on yllättävää, että juuri mitkään eläimet eivät käytä niitä ravinnokseen. Vasta vuonna 2012 löydettiin syvältä merenpohjasta todella kaikkiruokainen mato, joka käyttää ravinnokseen myös arkkieliöitä.

Arkkieliöt ja fossiilit


Arkkieliöt ovat pieniä, joten niiden fossiilien tutkimus on vaikeaa. Ne voivat myös olla muodoltaan hyvin samanlaisia kuin bakteerit, joten muodosta ei voi välttämättä päätellä kumpi on kyseessä. On kuitenkin  eräs keino, joka antaa johtolankoja. Arkkien solukalvojen lipidit ovat erilaisia kuin muilla eliöillä ja se jättää kemialisia jälkiä kerrostumiin. Tämä erilainen koostumus auttaa arkkieliöitä  myös selviämäään korkeissa lämpötiloissa. Terminologia on sen verran vaikeaa, että otan tähän eroon liittyen suoran lainauksen Wikipediasta:
Archaeal lipid tails are chemically different from other organisms. Archaeal lipids are based upon the isoprenoid sidechain and are long chains with multiple side-branches and sometimes even cyclopropane or cyclohexane rings. This is in contrast to the fatty acids found in other organisms' membranes, which have straight chains with no branches or rings. Although isoprenoids play an important role in the biochemistry of many organisms, only the archaea use them to make phospholipids. These branched chains may help prevent archaeal membranes from leaking at high temperatures.
Noita arkkieliöiden solukalvojen erityisten lipidien jättämiä kemialisia jälkiä on löydetty Grönlannista, Isuan alueelta  maapallon vanhimmista kerrostumista, joiden iäksi on arvioitu 3.8 miljardia vuotta. Näiden kemialisten jälkien tulkinnasta ei tosin olla yksimielisiä tiedeyhteisössä.

Arkkieliöillä voi myös olla osuutensa stromatoliittien synnyssä syanobakteerien lisäksi. Jotkut tutkimukset viittaavat siihen, että kaikki kolme eliöiden domeenia, arkit, bakteerit ja aitotumaiset olivat olemassa jo arkeeisella ajalla, ja näinollen ns. mikrobimatot saattoivat sisältää jopa kaikkia näitä. Virtual Fossil Museum-sivuilla kerrotaan asiasta näin:
As previously noted, stromatolites are most often described as biogenically-produced structures formed by colonies of photosynthesizing cyanobacteria. However, this is an enormous oversimplification given that the weight of scientific evidence suggests that all three domains of life (the Archaeans, Eubacteria, and Eukaryotes) appeared in the Archaean Era, and thus the so-called microbial mats would have contained representatives among all three domains. Just how and when the base of the tree of life split into the three main branches remains one of the most important questions in all of biology and science, and is the source of constant scientific dispute. Which of the prokaryotes came first, the Archaeans or the Eubacteria remains unresolved, and a consensus has emerged that these primitive microorganisms laterally exchanged genes further confounding attempts to validate what begat what during to course of early evolution on earth. Lateral gene transfer belies the concept of the single common ancestor (see Woese, 1998). While formation by colonies of cyanobacteria is probably the primary mechanism for formation of surviving stromatolites in the deep time of the Archaean and half way through the Proterozoic, it is unlikely to have been the only mechanism.
Kuten yllä myös mainitaan, ei olla yksimielisiä kumpi prokaryoottien tyyppi ilmaantui ensin, arkit vai bakteerit. Niiden kehityksen kannalta mielenkiintoinen ja kannatusta saanut teoria on, että alkeelliset mikro-organismit olisivat vaihtaneet perimäainesta suoraan tai bakteriofagien välityksellä, niin että evoluutio ei olekaan sillä tasolla edistynyt pelkästään sukulinjoissa. Tästä käytetään nimitystä horisontaalinen geeninsiirto (engl. myös lateral gene transfer).

_____________

Lähteitä:

Wikipedia, Archaea
UCMP, Introductrion to the Archaea
UCMP, Archaea: Fossil Record
Virtual Fossil Museum, Archaea and Evolution
Virtual Fossil Museum, Stromatolites, The oldest Fossils